W samym sercu angielskiego Oksfordu dorasta osierocona przez rodziców dziewczynka imieniem Lyra (Dakota Blue Richards). W jej świecie, równoległym do naszego, magia, nauka i teologia są ze sobą ściśle powiązane, a każdy człowiek posiada własnego towarzysza, połączonego z nim niewidzialną więzią - dajmona. Lyra wiedzie spokojne życie, aż do czasu, kiedy najbliższy jej przyjaciel, chłopiec kuchenny imieniem Roger (Ben Walker) z kolegium, w którym dziewczynka się wychowuje, zostaje porwany przez postacie zwane przez wszystkich "grobalami" - wiele dzieci zostało przez nich uprowadzonych i nikt ich nigdy nie odnalazł. Dziewczynka wyrusza na poszukiwania, które zawiodą ją na daleką północ. Przed wyjazdem otrzymuje niezwykłe urządzenie - czytnik symboli, tzw. "aletheiometr", który posiada zdolność odpowiedzi na każde pytanie. Podczas swojej podróży spotyka wiele ciekawych postaci - Cyganów, pancernego niedźwiedzia Lorka, czarownice. Uprowadzone dzieci są poddawane strasznym eksperymentom, mającym związek z tajemniczym pyłem. Lyra odegra w całej tej historii ogromną rolę, pomimo że nie zdaje sobie z tego jeszcze sprawy.