Minęły dwa lata od wydarzeń z pierwszej części. Peter Parker (Tobey Maguire) rozstał się z Mary Jane (Kirsten Dunst). Chłopak przechodzi ciężkie chwile, ponieważ trudno pogodzić mu zwykłe życie z byciem superbohaterem. Gdy Mary Jane decyduje się poślubić syna J.J. Jamesona (J.K. Simmons), Peter postanawia całkowicie zerwać ze Spider-Manem. Wkrótce jednak zmienia zdanie, bo miastu zaczyna zagrażać szalony naukowiec, Dr Otto Octavius (Alfred Molina), który po nieudanym eksperymencie przeistacza się w Dr Octopusa. Szaleniec, dążący do reaktywacji swojego eksperymentu, porywa Mary Jane…