Tysiąc lat po "Siedmiu Dniach Ognia", czyli wojnie zakończonej wielkim ekologicznym kataklizmem, Ziemia porośnięta jest toksyczną dżunglą, pełną ogromnych owadów-mutantów. Oddychanie bez maski tlenowej grozi śmiercią w ciągu kilku minut. Jedną z ostatnich zamieszkałych przez ludzi oaz jest królestwo zwane Doliną Wiatru. Wieje tam "wiatr bogów", odpędzający trujące opary. Następczyni tronu, księżniczka Nausicaä, razem z mistrzem Yupą próbują zrozumieć mechanizmy rządzące przyrodą i znaleźć sposób, który zapewni ludziom bezpieczeństwo. Delikatna równowaga zostaje zachwiana, gdy nieopodal rozbija się samolot przewożący potężną broń. Sąsiedzi Doliny Wiatru planują użyć jej, by zniszczyć owady i dżunglę, nieświadomi, że ściągną w ten sposób zgubę na resztę ludności.