Po zniszczeniu Chicago przez huragan o niespotykanej dotąd sile, kolejna burza sieje destrukcję w Paryżu. Nowa dyrektor Federalnej Agencji Zarządzania Kryzysowego, Judith Carr (Gina Gershon), nawiązuje współpracę z byłym partnerem, dr Rossem Duffym (Cameron Daddo), który był autorem raportu przewidującego możliwość wystąpienia tego typu anomalii meteorologicznych. Utworzona grupa badaczy wspierana przez pracujących w terenie Faith Clavell (Shannen Doherty) i Tommy'ego Dixona (Randy Quaid) oraz wojskowych pilotów usiłuje zebrać jak najwięcej danych o burzach, by odkryć przyczynę ich powstawania. Niespodziewanie potężne tornado rujnuje Buffalo i kieruje się na Nowy Jork. Tymczasem członek komuny religijnej wierzący, iż zaistniałe wydarzenia są zapowiedzią biblijnego końca świata, organizuje porwanie ewakuowanych dzieci pracowników rządowych celem urzeczywistnienia ostatniej plagi - śmierci pierworodnych. Podczas gdy brat Judith, agent Gavin Carr (Sebastian Spence), naraża własne życie, by odnaleźć uprowadzonych nastolatków, zespół Rossa odkrywa metodę przeciwdziałania formowaniu się kolejnych komórek burzowych. Naukowcy mają już jednak niewiele czasu na jej wdrożenie. Wkrótce bowiem dojdzie do zderzenia nowojorskiego frontu i nadciągającego znad Karaibów huraganu Eduardo, a powstała w efekcie burza zagrozi całemu światu...