Epidemia jest dziełem autotematycznym, bliskim 8 i pół Felliniego - quasi-dokumentalnym zapisem prac nad scenariuszem filmu, który nigdy nie powstał. Równolegle z akcją współczesną prowadzona jest, dziejąca się w nieokreślonym czasie przyszłym, historia straszliwej epidemii, której próbuje przeciwdziałać młody idealista - doktor Messmer (w tej roli sam Lars von Trier). Styl wizualny filmu w połączeniu z nawiązaniami do historycznych plag w Europie oraz europejskiej literatury, każą uznawać Epidemię za drugą część "trylogii europejskiej", której pozostałe ogniwa stanowią Element zbrodni i Europa. Ten eksperymentalny utwór kręcono na przemian na taśmie 16 mm (czarno-białe partie dokumentalne) i kamerą 35 mm (kolorowe sekwencje aktorskie) z udziałem aktorów profesjonalnych i samych realizatorów - scenarzysty i reżysera.

Po tragicznej śmierci ojca 13-letni Pablo (Gonzalo Sánchez Salas) czuje się osamotniony. Jego jedyną przyjaciółką jest Julia (Ana Tutor), bezwstydna piętnastolatka,  gotowa pomóc mu w przejściu z okresu dzieciństwa w wiek dojrzewania i udzielać porad dotyczących seksu. Pewnego dnia na wiejskiej drodze chłopak spotyka Paco (Francisco Alfonsin), dobrze ubranego nieznajomego, którego samochód się zepsuł. Pomimo ostrzeżeń mieszkańców przed tajemniczym mężczyzną, zaniedbywany przez matkę nastolatek nawiązuje bliską relację z przybyszem.

Szwedzka para odpoczywa w austriackim kurorcie. Między dwójką dochodzi do gwałtownej kłótni. Dziewczyna wychodzi. Aron postanawia ją odnaleźć. Okazuje się, że nie jest to takie proste, jak sobie wyobrażał.

Pewnego dnia Clay (D.B. Sweeney) traci swoją restaurację i musi znaleźć nową pracę. Nie jest to łatwe gdyż ma już prawie 40 lat i poza robieniem kanapek potrafi niewiele. Clay próbuje swoich sił w kolejnych rozmowach kwalifikacyjnych, ale nikt nie traktuje serio człowieka, który nie radzi sobie nawet z edytorem tekstu. Podczas swoich poszukiwań poznaje wielu ludzi w podobnej jak on sytuacji. Ludzi, którzy z różnych powodów nie mogą się odnaleźć na rynku pracy.

Akcja filmu dzieje się w Iraku i opowiada o dokonaniach elitarnej jednostki saperów. Zmuszeni do niebezpiecznej gry w kotka myszkę w zamęcie wojny, łączą swoje siły, gdyż w miejscu, w którym sie znajdują każdy człowiek może się okazać potencjalnym wrogiem, a każdy obiekt - śmiertelną bombą.

Oscar (Nathaniel Brown) i jego siostra Linda (Paz de la Huerta) niedawno przybyli do Tokio. On jest dilerem narkotyków, ona pracuje jako striptizerka w nocnym klubie. Pewnej nocy Oscar zostaje złapany i postrzelony przez policję. Kiedy umiera, jego duch, pozostając wierny obietnicy przed laty złożonej siostrze, że nigdy jej nie zostawi, pozostaje w świecie żywych. Wędruje przez miasto, a jego wizje stają się coraz bardziej zniekształcone i koszmarne - przeszłość, teraźniejszość i przyszłość scalają się w halucynacyjnym wirze.

Filmowa biografia Dorothy Day (Moira Kelly), która w młodości głosiła lewicowe poglądy i nie była osobą głęboko wierzącą. Jej podejście do życia zmieniło się po dramatycznych przeżyciach osobistych. Bardzo przeżyła zabieg aborcji i rozstanie z kochankiem, który nie dotrzymał złożonej jej obietnicy małżeństwa. Znalazła pocieszenie w religii. Nadal angażowała się w sprawy społeczne, założyła czasopismo polityczne dla katolickich robotników. Mimo trudności kontynuowała swoja misję społeczną aż do śmierci. Jeszcze za życia zyskała sobie miano amerykańskiej Matki Teresy.

Pogrążony w kryzysie egzystencjalnym Ben Layten (Thomas Middleditch) odkrywa, że jego rodzice w przeszłości prawie adoptowali dziewczynkę. Z pomocą swojej sąsiadki Tabby Song (Diana Bang) mężczyzna postanawia odnaleźć niedoszłą siostrę, aby dowiedzieć się, jak jego życie mogło wyglądać. Kiedy w końcu udaje mu się poznać tajemniczą Hannę Weathers (Jess Weixler), ich znajomość przybiera zupełnie niespodziewany przebieg. Kobieta zaprasza Bena do pełnego przygód świata, w którym wszystko zdaje się być możliwe...

Jest rok 1945, akcja toczy się gdzieś na Pacyfiku, na starym okręcie. Kapitan Morton chce zostać dowódcą, więc od swojej załogi rząda olbrzymich wysiłków, by pracowali ciężko i wydajnie. Traktuje ich trochę jak niewolników, a żaden człowiek nie lubi być pozbawionym wolności. To ich doprowadza do szału, chcą dać nauczkę kapitanowi. Ktoś musi zrobić pierwszy krok...

Wieloznaczna i niepokojąca, utrzymana w klimacie makabreski, historia szanowanego i wzorowego obywatela Archibalda de la Cruz. Archibaldo wierzy, że jest winny śmierci guwernantki opiekującej się nim w dzieciństwie. Jako dorosły już człowiek opowiada tę historię siostrze w szpitalu, po czym siostra nieszczęśliwie ginie. Archibaldo głęboko przekonany, że jest winien także tej śmierci składa zeznania na policji, przyznając iż tego typu zbrodni było w jego życiu więcej. W retrospekcji widzimy losy trzech innych spotkanych w życiu bohatera kobiet, z których dwie spotkał tragiczny koniec.

Sławny kompozytor i dyrygent Martin poznaje skrzypaczkę Barbarę i zakochuje się w niej z wzajemnością. Mimo że oboje żyją w szczęśliwych związkach i mają dorosłe dzieci, ich miłość okazuje się silniejsza. Decydują się pobrać i zamieszkać razem w domku na szwedzkim wybrzeżu Bałtyku. Po pięciu latach Barbara zauważa z niepokojem, że mąż ma kłopoty z pamięcią. Lekarze rozpoznają chorobę Alzheimera. Kobieta rozpoczyna ciężką walkę ze słabością ukochanego.

Anglia, rok 1884. Świat stoi u progu wielkich zmian. W dzień swoich 16. urodzin Enola Holmes (Millie Bobby Brown) odkrywa, że jej matka (Helena Bonham Carter) opuściła dom. Kobieta pozostawiła po sobie dziwaczne podarunki, lecz żadnych wskazówek dotyczących powodu swojego zniknięcia ani obecnego miejsca pobytu. Ciesząca się do tej pory beztroskim dzieciństwem Enola nagle trafia pod opiekę swoich braci, Sherlocka (Henry Cavill) i Mycrofta (Sam Claflin), którzy planują odesłać ją do szkoły z internatem dla "młodych dam". Dziewczyna ma jednak inne plany: ucieka, aby odnaleźć swoją matkę w Londynie. Wkrótce okazuje się, że jej własna misja powiązana jest z losami młodego, tajemniczego uciekiniera, Lorda (Louis Partridge). Rozwijająca swoje umiejętności detektywistyczne Enola okazuje się sprytniejsza od swojego słynnego brata i natrafia na trop spisku, który może odmienić historię ludzkości.

Podczas I wojny światowej amerykański żołnierz Tom Holmes (Richard Barthelmess) zostaje poważnie ranny na froncie zachodnim. Wszyscy są przekonani o śmierci bohatera, a jego zasługi w boju dowództwo przypisuje tchórzliwemu Rogerowi Winstonowi (Gordon Westcott). W rzeczywistości Holmes trafia do obozu jenieckiego. Życie ratuje mu niemiecki lekarz, jednak za cenę uzależnienia od morfiny. Po powrocie do domu Tom otrzymuje posadę w banku ojca Rogera, lecz na wieść o jego nałogu zostaje zwolniony i trafia na odwyk. Po wyjściu na wolność Holmes wyjeżdża do Chicago, gdzie zakochuje się w pięknej Ruth (Loretta Young), znajduje nowych przyjaciół i pracę. Ich szczęście staje pod znakiem zapytania w obliczu Wielkiego Kryzysu.

W mieście na francuskiej riwierze mieszka Yvonne, młoda wdowa po policjancie, który uchodził za lokalnego bohatera. Kiedy dowiaduje się że zmarły małżonek nie był jednak wzorem cnót, za jakiego był uważany i wysłał na 8 lat niewinnego chłopaka, Antione'a, do więzienia, wpada w panikę. Yvonne chce zrobić wszystko, co w jej mocy, aby pomóc czarującemu Antoine'owi wrócić do dawnego życia sprzed wizyty w więzieniu i odnowić relacje z żoną. Były więzień ma jednak kłopoty z przystosowaniem się do życia na wolności. Niedługo po wyjściu z więzienia odpala lont prowadzący do prawdziwie bombowej sekcji wydarzeń.

Film zaczyna się słowami jego autora : " Oto komedia, która mogła stać się tragedią, ale wszystko poszło dobrze, i dlatego pozostała komedią". Opowiada natomiast o małżeństwie Davida i Marianne, z którego po piętnastu latach pozostały jedynie szczątki. David ma romans ze swoją pacjentką, zaś Marianne odnawia znajomość ze swoim byłym kochankiem, a zarazem najlepszym przyjacielem jej męża Carlem-Adamem. Kobieta postanawia wyjechać do Kopenhagi, by spotkać się z Carlem-Adamem. Okazuje się, że David wybrał ten sam pociąg. Spędzając razem czas podróży, małżonkowie wspominają swoją przeszłość i rozmawiają na temat przyszłości. Zaczynają na nowo się rozumieć, co prowadzi do pojednania.

Pewien mężczyzna przybywa do Strasburga. Wie, że mieszka tutaj Sylvia - kobieta, którą poznał kilka lat wcześniej, i próbuje ją odnaleźć. W czasie poszukiwań poznaje lepiej miasto i pozwala sobie się nim zachwycać.

Mabel (Gena Rowlands) i Nick (Peter Falk) to na pozór szczęśliwe małżeństwo z gromadką dzieci. Jednak kobieta ma tendencję do dziwnego zachowania, które z biegiem czasu zaczyna występować coraz częściej. Nick, stara się okazywać żonie wsparcie. Gdy stan Mabel nie ulega poprawie, mężczyzna zaczyna podejrzewać chorobę psychiczną.